Sull’attuale sito del Palazzo Ducale certamente in epoca remota, forse normanno-sveva, è esistito un palazzo che fu utilizzato dall’autorità civile che governava Andria.

Nel 1308 Beatrice d'Angiò, contessa di Andria, trasferì la sua residenza da Napoli ad Andria sposando il Duca Bertrando Del Balzo; agli sposi fu donata la Sacra Spina della Corona di Gesù Cristo. Beatrice, venuta in Andria, donò la reliquia al Capitolo della Cattedrale e, quest'ultimo, per riconoscenza, consentì la costruzione di un tronetto con relativa tribuna che collegava il Palazzo Ducale alla Cattedrale, per consentire alla famiglia di assistere alle funzioni religiose.

A metà del Cinquecento il feudo di Andria fu affidato al Duca Consalvo de Cordoba che, trovandosi in cattive acque, lo vendette al Conte di Ruvo Fabrizio Carafa. Quest'ultimo lo ristrutturò completamente ampliandolo nella dimensione planimetrica in stile tardo rinascimentale come oggi è possibile ammirarlo.

Successivamente, caduti in disgrazia, i Carafa vendettero il Palazzo agli Spagnoletti-Zeuli che, nell’Ottocento lo modificarono, ristrutturarono, sopraelevarono e se lo divisero, dando alla struttura l’attuale configurazione; la parte del palazzo prospicente piazza la Corte fu venduta, mentre quella che si affaccia piazza Vaglio e piazza Catuma è rimasta agli Spagnoletti che l’abitano tutt’oggi.

Da poco la porzione del Palazzo Ducale che prospetta piazza la Corte è diventata di proprietà comunale e sono iniziati i lavori di recupero per destinarlo a contenitore culturale.

La voce del popolo tramanda da secoli l’esistenza di un passaggio sotterraneo che collegava il Castel del Monte con il Palazzo Ducale. La galleria doveva servire come via di fuga in caso di assedio.